Hola Teresa,
Lo primero, lamento la situación en la que te encuentras. Lo que hace Hacienda es reclamar que no has cumplido el plazo de 4 años para comprar la vivienda desde que abriste la cuenta y, por lo tanto, reclaman las cantidades deducidas de forma incorrecta al no tener conocimiento de la situación en la que se encuentra la obra. Lo que puedes hacer es presentar ahora alegaciones. En la carta sancionadora debería explicarte el procedimiento para comunicar a Hacienda la situación de la obra y el hecho de que está sin terminar.
Desde la Coooperativa los gestores deberían de haber sido más claros al explicaros todo el proceso fiscal, que entiendo que ellos deberían conocer.